简要说明

功能

此小工具是辅助GROMACS做伞形采样用的，功能类似于Umbrella Sample教程中的插件1和插件2，但是组合了两者的功能并用C重写，主要在Windows系统下使用，避免在Windows上还要安装shell和python环境的麻烦。

文件说明

1. settings.ini

   此文件是相关输入参数设置文本文件，用记事本打开编辑即可。

   [ parameters ]部分可以设置从哪一步开始执行，窗口间距，US类型（也支持二面角），以及相关的gromacs文件选项和输出文件名等等，具体可以打开文件看注释;后面的说明，写法与gromacs的mdp文件格式类似。

   [ template ]下面的部分是用来设置产生脚本的命令行的，是一个模板，XXX的标志会被此工具替换成相应的窗口帧。你可设置自己的mdp文件名称，输出文件名等等，但XXX是必须存在的，和GROMACS教程中的插件2一样。这一部分如果不存在(删除[ template ]和后面的内容)，程序会使用内置的一套默认模板。

   如果[ parameters ]下面的某些项你自己不指定，程序也会使用默认的一套模板。如果settings.ini文件在当前目录下不存在，程序就会完全使用默认的模板，可自行测试。

2. summary_distances.dat文件和testout文件夹

   summary_distances.dat文件为一个测试文件，第一列帧，第二列蛋白-配体质心距离。testout文件夹下为该dat产生的所有输出文件，包括提取符合窗口间距的帧编号和一个批处理脚本，因为我设置的是Windows平台（settings.ini中的linux = 0），所以是bat脚本，你可以改成1，则产生shell语法脚本。step = 2所以直接使用的是summary_distances.dat作为输入，就不需要gromacs的相关文件了。us.log是程序输入的日志文件，里面你设置的参数和执行命令（如果设置step = 1使用gromacs的话）。

3. Gen_Umbrella.exe

   这个是主程序，只要当前目录下有summary_distances.dat或者有需要的所有gromacs输入文件的话，双击此程序就可以了！！！

使用

设置完上面说明中的相关输入文件，双击Gen_Umbrella.exe即可使用