甲被蕾带到诺依的诊疗所。 在得知甲是魔狼的门仓上校的儿子后，诺依欣然接收了甲，并开始用纳米机器修复其脑内芯片。
甲在治疗中回想起过去的记忆片段。 想到代理人的事情，甲决定前往方舟寻找其线索。
甲与蕾来到方舟，在那里见到了圣良和被其雇佣的永二。 甲将代理人的ID与呼一致的情报告知了圣良，但圣良也不明情况。
圣良拜托甲在得到水无月真的消息时联系她。 在永二的劝说下，甲让蕾与魔狼交换了情报。
甲来到方舟虚拟都市，在量产NPC的指引下寻找亚季。 在怀念的街道风景中，甲想起……
【记忆溯行】
甲和真在上学路上潜入交谈。 虚拟世界中的真与甲谈笑风生，不管是甲周围的情况，还是真自己对恋爱的迷茫，亦或是姐姐对自己的无话不谈。 真甚至还提到空唯一一次暗动春心还是在小时候的事情了。
甲来到虚拟的如月寮，和菜叶，亚季，雅三人再会。 亚季敏锐地看穿了甲的身份。 甲向亚季询问代理人和真的情报，但亚季也不清楚。
夜晚，甲和蕾会合，蕾汇报了有关盗版NPC的情报。 随后艾迪惊慌地发来通话，两人前往其在现实世界的据点。
艾迪透露多米尼恩通过盗版人偶贩子与阿南建立联系，将德雷克斯勒机关的科学家介绍给阿南议员为其制造非法纳米机械。 而多米尼恩的真实意图则是让科学家将编译者混入通用纳米机器传播发动。 得知此事的阿南为消灭证据爆破地下基地，并与多米尼恩陷入对科学家的争夺。
因在调查中暴露身份，艾迪请求甲将其护卫出城，却不幸被突然冲入现场的多米尼恩刺杀。 艾迪临死前告知甲多米尼恩的据点与人偶贩子有关，让他在那里寻找多米尼恩的巫女。
甲在打捞艾迪脑内芯片情报时遭遇多米尼恩士兵。 甲在打倒多米尼恩士兵后看到了真的电子体的身影，但因为突如其来的晕眩没能盯住。
甲在街上向圣良汇报在无名都市发现真的事情。 圣良也告知甲盗版NPC是根据被偷走的呼的数据制作的，其资料包含绝不能让狂信徒触碰的连接者技术。 圣良将这些技术称为“十九的玩具”。
汇报完情报后，甲在街上与千夏偶遇，但千夏并没有为和甲久违的重逢感到高兴。 尽管如此，两人还是在分别前交换了联络地址。