add general task design

designs/task.dsn

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+#!/usr/bin/env bash
+
+###################################################################
+#  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  ☭  #
+###################################################################
+
+
+###################################################################
+# This design file stores the values of all variables required to
+# execute a complete neuroimage processing pipeline. You may
+# execute the analysis specified in this design file by calling
+# (in any v4 or higher bash terminal):
+#
+# xcpEngine <file>.dsn
+#
+# Variables fall into five general categories:
+# * ANALYSIS VARIABLES are used at all stages of this analysis.
+# * PIPELINE specifies the modules that comprise the analysis.
+# * MODULE VARIABLES are used during one stage of the analysis.
+#                  These are typically array variables with array
+#                  indices equal to the index of the module that
+#                  calls them.
+# * OUTPUT VARIABLES may be used at all stages of the analysis.
+#                  These are typically array variables with array
+#                  indices equal to the value of the primary
+#                  subject identifier. They will appear only in
+#                  localised design files.
+###################################################################
+
+
+###################################################################
+# ANALYSIS VARIABLES
+###################################################################
+
+analysis=accelerator_$(whoami)
+design=/home/rciric/xcpAccelerator/xcpEngine/designs/task.dsn
+sequence=nback
+standard=MNI%2x2x2
+
+###################################################################
+# PIPELINE
+###################################################################
+
+pipeline=task,coreg,roiquant,norm
+
+###################################################################
+# 1 TASK
+###################################################################
+
+task_design[1]=${fsf[sub]}
+task_rerun[1]=N
+task_cleanup[1]=Y
+
+###################################################################
+# 2 COREG
+###################################################################
+
+coreg_reference[2]=mean
+coreg_cfunc[2]=bbr
+coreg_seg[2]=${segmentation[sub]}
+coreg_wm[2]=3
+coreg_denoise[2]=1
+coreg_refwt[2]=NULL
+coreg_inwt[2]=NULL
+coreg_qacut[2]=0.8,0.9,0.7,0.8
+coreg_decide[2]=1
+coreg_mask[2]=0
+coreg_rerun[2]=0
+coreg_cleanup[2]=1
+
+###################################################################
+# 3 ROIQUANT
+###################################################################
+
+roiquant_atlas[3]=all
+roiquant_globals[3]=1
+roiquant_vol[3]=0
+roiquant_rerun[3]=0
+roiquant_cleanup[3]=1
+
+###################################################################
+# 4 NORM
+###################################################################
+
+norm_rerun[4]=0
+norm_cleanup[4]=1