Análise da qualidade dos reads

Instalando Fastqc

conda install -c bioconda fastqc
apt-get install fastqc

Rodando o Fastq nos exemplos

Entre na pasta step_2 crie os diretórios e rode o comando abaixo

mkdir FASTQC cutadapt
fastqc E100024251_L01_104.bwa.sortdup.bqsr.brca.1.fastq.gz --nogroup -o ./
fastqc E100024251_L01_104.bwa.sortdup.bqsr.brca.2.fastq.gz --nogroup -o ./

Dúvidas sobre os argumentos usados, use o comando abaixo:

fastqc --help

Caso a qualidade não esteja boa, use alguma das opções indicadas nos slides. No nosso caso não é preciso, mas abaixo temos um exemplo de comando para para o cutadapt excluindo reads no final da sequência com phred score abaixo de 20.

conda install -c bioconda cutadapt
apt-get install cutadapt

cd ../cutadapt/
cutadapt -q 20 -o E100024251_L01_104.bwa.sortdup.bqsr.brca.1.trimmed.fastq.gz E100024251_L01_104.bwa.sortdup.bqsr.brca.1.fastq.gz
cutadapt -q 20 -o E100024251_L01_104.bwa.sortdup.bqsr.brca.2.trimmed.fastq.gz E100024251_L01_104.bwa.sortdup.bqsr.brca.2.fastq.gz

Analisando o número de sequências no Fastq

gunzip -c E100024251_L01_104.bwa.sortdup.bqsr.brca.1.fastq.gz | echo "$((`wc -l` / 4))"
gunzip -c E100024251_L01_104.bwa.sortdup.bqsr.brca.2.fastq.gz | echo "$((`wc -l` / 4))"