Curso-X-meeting-2023

Repositório criado para detalhar os passos do curso prático de bioinformática que será ministrado no X-Meeting-2023.

Minicurso: Bioinformática aplicada a medicina de precisão

• Curso organizado para o X-Meeting

Sinopse

O Sequenciamento de Nova Geração (NGS) tem possibilitado uma produção sem precedentes de dados genéticos. A análise subsequente desses dados, em busca de variantes genéticas que possam estar associadas a determinado fenótipo, é um importante passo para novas alternativas de diagnóstico e tratamento personalizado de pacientes. Este minicurso visa introduzir como é feito o tratamento dos dados de NGS advindos de DNA humano por meio de ferramentas de bioinformática, passando pelas etapas de análise de qualidade, alinhamento, chamada e anotação de variantes.

Sobre a MGI

A MGI cria ferramentas e tecnologias essenciais para permitir a inovação em ciências da vida. Produtora líder de sequenciadores de alto rendimento clínico, a MGI se dedica a P&D, produção e vendas de instrumentos de sequenciamento, reagentes, processamento e produtos relacionados.

Como instalar o git

sudo apt-get install git-all

Para mais informações e outros sistemas operacionais, clique aqui

Como clonar esse repositório

1. Vá para uma pasta onde queira deixar este repositório;
2. Use o comando abaixo:

git clone https://github.com/Wilsonjsjunior/Curso-X-Meeting-2023.git

Como instalar conda

• Link ensinando como instalar

| você também pode criar um ambiente conda na sua máquinas com todas as ferramentas necessárias:

conda create -n bioinfo:0.1.0 -c bioconda -c conda-forge gatk4 \
freebayes \
picard \
bwa \
fastqc \
samtools \
bedtools

Como rodar o container Docker

Faça a instalação do Docker de acordo com o seu sistema operacional:

• Windows (Para usar o Docker no Windows, use o Cmder para emular um terminal)
• Ubuntu
• Mac

As instalações de outros sistemas operacionais podem ser encontradas aqui.

Após a instalação, faça a build da imagem no seu computador:

docker build -t bioinfo:0.1.0 -f dockerfile .

Vá para o diretório do repositório do curso, e depois crie um container com a imagem baixada, utilizando o seguinte comando:

docker run -v ~/Curso-X-Meeting-2023:/curso -it bioinfo:0.1.0

No final, será criado um container com todos os softwares necessários para a execução prática do curso já instalados.

Mais informações e mais conteúdo

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