Présentation de Genix.

Genix est un programme de génie génétique principalement destiné à l’étude des SVT. Ce programme s’utilise dans un terminal GNU/Linux et comporte un menu interactif permettant des réaliser l’ensemble des traitements possibles. Il a été développé dans le but d’offrir une alternative aux logiciels (libres et non libres) pédagogiques de traitement de séquences déjà existant mais utilisables uniquement sous Windows.

Fonctionnalités.

• Recherche et ajout de séquences (nucléotidiques et peptidiques)
• Création de séquences (nucléotidiques et peptidiques)
• Transcritpion
• Traduction
• Rétro-transcription
• Affichage d’informations sur les séquences
• Alignements et comparaisons simples locales et globales
• Alignements et comparaisons multiples (Clustalw)
• Choix du code génétique utlilisé pour la traduction
• Représentation des tables des différents codes génétiques
• Affichage des séquences peptidiques par une représentation à une ou trois lettres par acide aminé
• Choix de la représentations des alignements (genix, emboss, clustalw, phylip, anagène-like)
• Sauvegarde des séquences créées, ou modifiées par transcription , traduction ou rétro-transcription
• Conversion de séquences au format .edi en fasta
• Création de fasta mono et multi-séquences
• Affichage des scores et/ou matrices de similitudes associés aux alignements

Installation.

Genix est un programme qui fonctionne uniquement sous GNU Linux. Il est écrit en python et requiert une version de python >= 3.4

Installation des dépendances.

Genix requiert des dépendances python qui ne sont pas présentes dans la librairie standard (numpy, biopython, xhtml2pdf, pandas) et des dépendances non python (Clustalw, Emboss, Rebase, Phylip).

Installation des dépendances Python.

pip install numpy biopython xhtml2pdf pandas

Installation de Clustalw

http://www.clustal.org/clustal2/

Sur Debian:

sudo apt-get install clustalw

Installation de Emboss

http://emboss.sourceforge.net/download/

Sur Debian:

sudo apt-get install emboss

Installation rebase pour emboss.

Rebase est indispensable pour utiliser les fonctions liées aux enzymes de restriction; il s'agit notamment des fonctions restrict et remap.

1: placez vous dans le répertoire de rebase

cd /usr/share/EMBOSS/data/REBASE

2: télécharger les fichiers withrefm et proto depuis le serveur ftp de rebase

sudo wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/rebase/withrefm*

Puis

sudo wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/rebase/proto*

3: décompresser

sudo uncompress withrefm.707.gz

Et

sudo uncompress proto.707.gz

Vous n'aurez pas forcément le version 707.... c'est à adapter

4: extraire rebase

rebaseextract

Et voilà... c'est terminé.

Installation de Phylip

http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/install.html

Sur Debian:

sudo apt-get install phylip

Installation de genix

Téléchargement avec wget:

~ $ wget https://github.com/YannBouyeron/genix/archive/master.zip

~ $ unzip master.zip

~ $ mv genix-master genix

Telechargement avec git:

~ $ git clone https://github.com/YannBouyeron/genix.git

Rendre le programme executable:

~ $ cd genix && mv genix.py genix && sudo chmod 755 genix && sudo cp genix* /usr/local/bin && cd ..

Utilisation

Accéder au menu interactif:

~ $ genix -m

Accéder au menu interactif (si vous n’avez pas rendu le programme exécutable):

~ $ cd genix
~/genix $ python3 genix.py -m

Accéder à l’aide:

~ $ genix -h

Désinstallation

~ $ cd /usr/local/bin/
/usr/local/bin $ sudo rm genix*