Решения:
* Получать сслылки и запускать скрипты через DI, использовать больше событий для взаимодействия несвязанных систем
* Стадии сцены: инит, старт, пауза, продолжить, конец
* Классы знают о стадиях либо из сигналов, либо добавляя себя в сцен менеджер который запускает стадии
* Уход от сохранению между сцен в пользу постоянных записей в бд
* Вероятно для каждой системы сделать свой save и load котроллер