玩转服务器—从卡顿到秒装，Conda焕新极速体验

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+玩转服务器—从卡顿到秒装，Conda焕新极速体验 by 生信菜鸟团
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+<div><section data-md5="d93a6" act="xmy"><section data-md5="d93a6"><section data-md5="d93a6"><section data-md5="d93a6"><section data-md5="d93a6"><section data-md5="d93a6"><section data-md5="d93a6"><p data-md5="d93a6"><strong data-md5="d93a6">滴水穿石 非一日之功</strong></p></section></section></section></section></section></section></section><p><br></p><section data-tool="mdnice编辑器" data-website="https://www.mdnice.com"><h2 data-tool="mdnice编辑器"><span></span><span>conda</span><span></span></h2><p data-tool="mdnice编辑器"><code>conda</code> 是一个开源的包管理系统和环境管理工具，它能够帮助用户安装、更新、删除和管理各种软件包。<code>conda</code> 最初是由 <strong>Continuum Analytics</strong>（现为 Anaconda, Inc.）开发的，用于其推出的 <strong>Anaconda</strong> 发行版。在 conda 被创建之前，开发者面临着多个包管理工具和环境管理工具无法有效整合的问题。常见的包管理工具有 <code>pip</code>（Python包管理器），而环境管理工具（如 <code>virtualenv</code> 和 <code>venv</code>）则用于创建和管理隔离的 Python 环境。这些工具各自存在，并且无法完全解决依赖关系、跨语言软件包的管理等问题。而 <code>conda</code> 通过提供一个环境管理系统，允许用户在不同的虚拟环境中安装和使用不同版本的软件包，从而避免了软件依赖的冲突问题。因此广泛应用于数据科学、生物信息学、机器学习等领域。</p><p data-tool="mdnice编辑器">官网：https://www.anaconda.com/<br>安装包：https://www.anaconda.com/download/success</p><h2 data-tool="mdnice编辑器"><span></span><span>Anaconda 和 Miniconda</span><span></span></h2><ul data-tool="mdnice编辑器"><li><section><strong>Anaconda</strong> 是一个包含 Conda 和大部分数据科学工具的完整发行版，非常适合科研人员、数据科学家和工程师使用。</section></li><li><section><strong>Miniconda</strong> 是 Conda 的一个最小化版本，用户可以根据需要选择性地安装包和环境，适合对空间和安装包有更高需求的用户。</section></li></ul><h2 data-tool="mdnice编辑器"><span></span><span>在服务器安装</span><span></span></h2><p data-tool="mdnice编辑器">通常情况下我们只需要安装miniconda即可满足使用。</p><pre data-tool="mdnice编辑器"><span></span><code><span>#</span><span><span>#官网下载安装包</span></span><br>wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh<br><span>#</span><span><span>#文件大小141M</span></span><br><span>#</span><span>如果网速不好，也可以在镜像站下载安装包，比如：https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/miniconda/</span><br>wget -c https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh<br><br>bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh<br><span>#</span><span><span>#小Tips  问「yes|no」:输入yes ;没有问「yes|no」直接按回车</span></span><br><span>#</span><span><span>#查看软件的知情同意，按 q 可直接退出查看</span></span><br><br>source ~/.bashrc<br></code></pre><figure data-tool="mdnice编辑器"><img data-imgfileid="100047275" data-ratio="0.1361111111111111" data-src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2AdOWTzzuGKBOr1B3dnX884N9iavdsc7WzCxicGOsHiaxY35jlVFoTJmh07w/640?wx_fmt=png&amp;from=appmsg" data-type="png" data-w="1080" src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2AdOWTzzuGKBOr1B3dnX884N9iavdsc7WzCxicGOsHiaxY35jlVFoTJmh07w/640?wx_fmt=png&amp;from=appmsg"><figcaption>官网下载</figcaption></figure><figure data-tool="mdnice编辑器"><img data-imgfileid="100047276" data-ratio="0.13055555555555556" data-src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2AdUKpLm6JkAT0BPyBIdwibLcKiaVXv0SLwUbh5nvMSlOiaMVNpTiabPs648Q/640?wx_fmt=png&amp;from=appmsg" data-type="png" data-w="1080" src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2AdUKpLm6JkAT0BPyBIdwibLcKiaVXv0SLwUbh5nvMSlOiaMVNpTiabPs648Q/640?wx_fmt=png&amp;from=appmsg"><figcaption>镜像站下载</figcaption></figure><figure data-tool="mdnice编辑器"><img data-imgfileid="100047278" data-ratio="0.5361111111111111" data-src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2Ados8VXibgdBFQicClSjk34XnwPqFmzpWRia1icpFBXkf8KgAD2YiboOr9ytQ/640?wx_fmt=png&amp;from=appmsg" data-type="png" data-w="1080" src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2Ados8VXibgdBFQicClSjk34XnwPqFmzpWRia1icpFBXkf8KgAD2YiboOr9ytQ/640?wx_fmt=png&amp;from=appmsg"><figcaption>北大镜像</figcaption></figure><h2 data-tool="mdnice编辑器"><span></span><span>常用命令</span><span></span></h2><pre data-tool="mdnice编辑器"><span></span><code><span>#</span><span><span>#创建环境</span></span><br>conda create -n test python=3.8<br><span><br>#</span><span><span>#查看环境</span></span><br>conda info --envs<br>conda info -e<br><span><br>#</span><span><span>#安装软件或者指定版本安装</span></span><br>conda install -y fastqc<br>conda install gnuplot=4.6.2<br><span><br>#</span><span><span>#删除某一个软件</span></span><br>conda uninstall fastqc<br><span>#</span><span><span>#删除环境</span></span><br>conda remove -n test --all<br><span><br>#</span><span><span>#创建.condarc 文件</span></span><br>conda config<br><span><br>#</span><span><span>#conda清理环境缓存</span></span><br>conda clean -i<br><span><br>#</span><span><span>#查看当前的channel设置</span></span><br>conda config --show-sources<br><span>#</span><span><span>#查看channel状态和优先级</span></span><br>conda config --get channels<br><span><br>#</span><span><span>#查看帮助文档</span></span><br>conda --help<br></code></pre><h2 data-tool="mdnice编辑器"><span></span><span>conda 镜像</span><span></span></h2><p data-tool="mdnice编辑器">conda 镜像是 conda 包管理工具用来下载和安装软件包的服务器或存储库的副本。镜像通常是某个官方服务器的完全复制，分布在不同的地理位置，以提高下载速度、降低网络延迟，并减轻原始服务器的负载。默认情况下，conda 从官方的 <code>defaults</code> 或其他频道（如 <code>conda-forge</code>）下载包。如果用户的网络连接到官方服务器速度较慢（例如国内用户访问国外的服务器），使用镜像可以显著提高下载速度。常用的镜像有清华大学镜像、北京外国语大学镜像、中科大镜像、阿里云镜像 等等。不过，即便国内有这些公共镜像，但是因为种种原因，镜像源难免有不稳定的时候，导致用户无法顺利安装软件。<strong>为了提升我们服务器的使用体验，我们专门搭建了服务器内网镜像</strong>。</p><h3 data-tool="mdnice编辑器"><span></span><span>共享服务器内网镜像</span><span></span></h3><p data-tool="mdnice编辑器">我们的内网镜像后面会进行统一设置。自己设置也很简单，只需修改自己家目录下的<code>.condarc</code>  文件，内容如下：</p><pre data-tool="mdnice编辑器"><span></span><code>channels:<br>  - defaults<br>show_channel_urls: true<br>default_channels:<br>  - http://10.10.11.66:8181/pkgs/main<br>  - http://10.10.11.66:8181/pkgs/r<br>  - http://10.10.11.66:8181/cloud/conda-forge<br>  - http://10.10.11.66:8181/cloud/bioconda<br>  - http://10.10.11.66:8181/pkgs/free<br>custom_channels:<br>  prtorch: http://10.10.11.66:8181/cloud/pytorch<br>  Paddle:  http://10.10.11.66:8181/cloud/Paddle<br>  qiime2:  http://10.10.11.66:8181/cloud/qiime2<br></code></pre><p data-tool="mdnice编辑器">在同一台服务器，不同的账号，安装conda后，创建小环境，我们来测试一下看看内网镜像的效果：</p><pre data-tool="mdnice编辑器"><span></span><code>conda create -n test <br><br>conda install -y hdf5<br>conda install -y tensorflow<br></code></pre><figure data-tool="mdnice编辑器"><img data-imgfileid="100047277" data-ratio="0.8583333333333333" data-src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2AdICAkROxGpKYSVGXOHOD9JafqAOKxnkQdtmCW2BUNTFC0MwxhyTToibg/640?wx_fmt=png&amp;from=appmsg" data-type="png" data-w="1080" src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2AdICAkROxGpKYSVGXOHOD9JafqAOKxnkQdtmCW2BUNTFC0MwxhyTToibg/640?wx_fmt=png&amp;from=appmsg"><figcaption>两个账号的镜像设置</figcaption></figure><h4 data-tool="mdnice编辑器"><span></span><span>设置内网镜像的账号 （账号1）：</span><span></span></h4><figure data-tool="mdnice编辑器"><img data-imgfileid="100047279" data-ratio="0.9666666666666667" data-src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2Ad9DYgIiavYwretk0wM8OacK1LIsMibtsic8IdGGQjnx06hQjnqQV3hY5XA/640?wx_fmt=png&amp;from=appmsg" data-type="png" data-w="1080" src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2Ad9DYgIiavYwretk0wM8OacK1LIsMibtsic8IdGGQjnx06hQjnqQV3hY5XA/640?wx_fmt=png&amp;from=appmsg"></figure><figure data-tool="mdnice编辑器"><img data-imgfileid="100047282" data-ratio="0.40555555555555556" data-src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2AdmfiaqfASxjicMwOa0qcMqUOSsB2zUCnfHZFqOL0vJL6XibKZW9SXBeyCg/640?wx_fmt=png&amp;from=appmsg" data-type="png" data-w="1080" src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2AdmfiaqfASxjicMwOa0qcMqUOSsB2zUCnfHZFqOL0vJL6XibKZW9SXBeyCg/640?wx_fmt=png&amp;from=appmsg"></figure><p data-tool="mdnice编辑器">可以看到，不管大小文件，即便1.6G的安装文件，也可以很快下载，不到2分钟就搞定。</p><h4 data-tool="mdnice编辑器"><span></span><span>使用默认镜像的账号（账号2）：</span><span></span></h4><figure data-tool="mdnice编辑器"><img data-imgfileid="100047284" data-ratio="1.4425925925925926" data-src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2Ad6f3VSXYWWDzw1iczTGO24E3SdPzOt1CyM60LH3HHq78jdACJQR1DMKw/640?wx_fmt=png&amp;from=appmsg" data-type="png" data-w="1080" src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2Ad6f3VSXYWWDzw1iczTGO24E3SdPzOt1CyM60LH3HHq78jdACJQR1DMKw/640?wx_fmt=png&amp;from=appmsg"></figure><figure data-tool="mdnice编辑器"><img data-imgfileid="100047283" data-ratio="0.3851851851851852" data-src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2Ad2siaOCSwSkvK3lHZqS8LLdEicwFGtVos9PpH3W8ibICdjINiaIa1T6dsTw/640?wx_fmt=png&amp;from=appmsg" data-type="png" data-w="1080" src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2Ad2siaOCSwSkvK3lHZqS8LLdEicwFGtVos9PpH3W8ibICdjINiaIa1T6dsTw/640?wx_fmt=png&amp;from=appmsg"></figure><p data-tool="mdnice编辑器">安装不仅耗时多，而且还出现了网络报错。</p><h3 data-tool="mdnice编辑器"><span></span><span>其他公共镜像</span><span></span></h3><p data-tool="mdnice编辑器">如果我们的内网镜像不能满足你的需求，也可以网上查找一些公共镜像，如果仍然网络报错，可以尝试切换不同的镜像测试。下面是一些镜像示例：</p><h4 data-tool="mdnice编辑器"><span></span><span>北外镜像</span><span></span></h4><pre data-tool="mdnice编辑器"><span></span><code>conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ <br>conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ <br>conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ <br>conda config --set show_channel_urls yes <br></code></pre><h4 data-tool="mdnice编辑器"><span></span><span>北大镜像</span><span></span></h4><pre data-tool="mdnice编辑器"><span></span><code>conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/<br>conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/<br>conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/pkgs/main/<br>conda config --set show_channel_urls yes<br></code></pre><h4 data-tool="mdnice编辑器"><span></span><span>阿里镜像</span><span></span></h4><pre data-tool="mdnice编辑器"><span></span><code>conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/msys2<br>conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda<br>conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main<br>conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/r<br>conda config --set show_channel_urls yes<br></code></pre><h4 data-tool="mdnice编辑器"><span></span><span>南方科技大学镜像</span><span></span></h4><pre data-tool="mdnice编辑器"><span></span><code>conda config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/<br>conda config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/<br>conda config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/pkgs/main/<br>conda config --set show_channel_urls yes<br></code></pre><hr data-tool="mdnice编辑器"><blockquote data-tool="mdnice编辑器"><span></span><p>如果你也需要共享服务器，详见：<a href="https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMTEwODk0Ng==&amp;mid=2247530048&amp;idx=1&amp;sn=28aa7bbd5e00521f79e074496a5f5d66&amp;scene=21#wechat_redirect" data-linktype="2">满足你生信分析计算需求的低价解决方案</a>福利抢购方式</p><figure><img data-imgfileid="100047281" data-ratio="1.7777777777777777" data-src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_jpg/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2Ad3dDTtwNichKRArkAPvsEK4PJWQ10fRQlo4eFEnOxmWzxXEBnd1DVrJQ/640?wx_fmt=jpeg&amp;from=appmsg" data-type="jpeg" data-w="1080" src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_jpg/iaRJcrq2Los8pwau2XygOQ10icdpwYJ2Ad3dDTtwNichKRArkAPvsEK4PJWQ10fRQlo4eFEnOxmWzxXEBnd1DVrJQ/640?wx_fmt=jpeg&amp;from=appmsg"><figcaption>还等什么呢，赶快扫描下面二维码添加微信抢购吧！</figcaption></figure></blockquote></section><p><br></p><section><section act="xmy"><section data-id="123409" data-type="lspecial02,lspecial04" powered-by="xmyeditor.com" data-md5="8b46d"><section powered-by="xmyeditor.com" data-md5="8b46d"><section powered-by="xmyeditor.com" data-md5="8b46d"><section powered-by="xmyeditor.com" data-md5="8b46d"><br></section><section powered-by="xmyeditor.com" data-md5="8b46d"><img data-imgfileid="100047274" data-ratio="0.6940298507462687" data-src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_gif/iaRJcrq2LosibrvQnXTV3PMktpwwmDsjia2JG4e3ibpLQ1G6M4nktW4PiaiaKfnpiaRmNbTT6St7QLfzAMAomKgWxQ4kA/640?wx_fmt=gif&amp;wxfrom=5&amp;wx_lazy=1&amp;tp=webp" data-type="gif" data-w="134" src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_gif/iaRJcrq2LosibrvQnXTV3PMktpwwmDsjia2JG4e3ibpLQ1G6M4nktW4PiaiaKfnpiaRmNbTT6St7QLfzAMAomKgWxQ4kA/640?wx_fmt=gif&amp;wxfrom=5&amp;wx_lazy=1&amp;tp=webp"></section><section powered-by="xmyeditor.com" data-md5="8b46d"><br></section></section></section></section></section></section><p><span></span><br></p><section data-tool="mdnice编辑器" data-website="https://www.mdnice.com"><h4 data-tool="mdnice编辑器">文末友情宣传</h4><p data-tool="mdnice编辑器">强烈建议你推荐给身边的<strong>博士后以及年轻生物学PI</strong>，多一点数据认知，让他们的科研上一个台阶：</p><ul data-tool="mdnice编辑器"><li><section><a target="_blank" href="https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMTEwODk0Ng==&amp;mid=2247530582&amp;idx=2&amp;sn=7178b8dd66ce3eb492fc2b65d4ea1c30&amp;scene=21#wechat_redirect" textvalue="生信入门&amp;数据挖掘线上直播课2025年1月班" linktype="text" imgurl="" imgdata="null" data-itemshowtype="11" tab="innerlink" data-linktype="2"><strong>生信入门&amp;数据挖掘线上直播课2025年1月班</strong></a><strong>，你的生物信息学入门课</strong></section></li><li><section><a target="_blank" href="http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&amp;mid=2247524148&amp;idx=1&amp;sn=7806da6feb41a36493c519c1cfc1d3ac&amp;chksm=9b4bdf8fac3c569960369602f1ef26639cb366b250f233b2297d1f059471c0458335bfc0b829&amp;scene=21#wechat_redirect" textvalue="时隔5年，我们的生信技能树VIP学徒继续招生啦" linktype="text" imgurl="" imgdata="null" data-itemshowtype="0" tab="innerlink" data-linktype="2" hasload="1"><strong>时隔5年，我们的生信技能树VIP学徒继续招生啦</strong></a><br></section></li><li><p><a target="_blank" href="https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMTEwODk0Ng==&amp;mid=2247530048&amp;idx=1&amp;sn=28aa7bbd5e00521f79e074496a5f5d66&amp;scene=21#wechat_redirect" textvalue="满足你生信分析计算需求的低价解决方案" linktype="text" imgurl="" imgdata="null" data-itemshowtype="0" tab="innerlink" data-linktype="2"><strong>满足你生信分析计算需求的低价解决方案</strong></a></p></li></ul></section><p><mp-style-type data-value="10000"></mp-style-type></p></div>  
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