GO注释, 基因对应文章, 基因对应的SYMBOL, 以及基因对应的功能描述下载自 https://zenodo.org/record/2530282#.XDLgk1wzaUk
- ATH_GO_TERM.txt: 该文件来自于
cat ATH_GO_GOSLIM.txt | cut -f 1,6,8,10 > ATH_GO_TERM.txt, 从原始的文件提取必要的三列 - Locus_Published_20171231.txt: 每个基因所关联的文献
- gene_aliases_20171231.txt: 基因对应的别名
- Araport11_functional_descriptions_20171231.txt: 每个基因的功能说明
创建包的代码见org.At.tair.db.R, 我构建GO注释中剔除不可靠的IEA对应GO, 也就是没有审查的电子注释部分。
构建注释包主要借助于AnnotationForge包. 如果你要构建属于你自己的物种包的话, 需要注意如下事情
- 每个数据框都必须要有GID列
- 每个数据框不能有重复的行
- PMID不能为空
- 处理数据时, 字符串一定要注意不要被R语言默认转成因子
安装注释包的方法如下:
install.packages("https://raw.githubusercontent.com/xuzhougeng/org.At.tair.db/master/org.Atair10.eg.db.tgz",
repos=NULL,type="source")
注: 和"org.At.tair.db"不同，你不能用TAIR作为keytype传给cluserProfiler::enrichGO, 而是用GID.
如果安装失败，可能是依赖包没有装好，可以安装旧版本的拟南芥注释，把依赖包装好
# 解决依赖包的问题
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("org.At.tair.db", version = "3.8")
有问题欢迎在issue中提出。