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 title: Hua's Blog
 subtitle: Less is more.
-description: Bioinformatics, postgraduate, Worker..
+description: Bioinformatics, postgraduate, Worker.
 author: Hua Zou
 
 

_posts/2018-04-01-Program-R1.md

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 layout: post
-title:  "R编程语言简介（一）"
+title:  "R：R编程语言简介（一）"
 date:   2018-04-01 20:06:05
 categories: 编程
 tags: R

_posts/2018-04-02-Program-R2.md

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 layout: post
-title:  "R语言编程书写规则（二）"
+title:  "R：R语言编程书写规则（二）"
 date:   2018-04-02 23:48:00
 categories: 编程
 tags: R

_posts/2018-04-05-Program-R3.md

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 layout: post
-title:  "R语言入门基础（三）"
+title:  "R：R语言入门基础（三）"
 date:   2018-04-05 19:00:00
 categories: 编程
 tags: R

_posts/2018-04-07-Program-R4.md

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 layout: post
-title:  "R语言基础函数介绍（四）"
+title:  "R：R语言基础函数介绍（四）"
 date:   2018-04-07 12:00:00
 categories: 编程
 tags: R

_posts/2018-04-09-Program-R5.md

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 layout: post
-title:  "动态图生成方法（五）"
+title:  "R：动态图生成方法（五）"
 date:   2018-04-09 13:10:00
 categories: 编程
 tags: R

_posts/2018-04-11-Program-R6.md

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 layout: post
-title:  "如何合并多个图形（六）"
+title:  "R：如何合并多个图形（六）"
 date:   2018-04-11 10:10:00
 categories: 编程
 tags: R

_posts/2018-04-27-Program-R7.md

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 layout: post
-title:  "apply函数家族（七）"
+title:  "R:apply函数家族（七）"
 date:   2018-04-27 10:10:00
 categories: 编程
 tags: R

_posts/2018-05-24-Program-R8.md

@@ -1,6 +1,6 @@
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 layout: post
-title:  "ggplot2的基本原理和使用方法（八）"
+title:  "R：ggplot2的基本原理和使用方法（八）"
 date:   2018-05-24 20:36:00
 categories: 编程
 tags: R

_posts/2019-08-29-Program-R10.md

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+---
+layout: post
+title:  "R：R包的创建及使用（十）"
+date:   2019-08-29 21:36:00
+categories: 编程
+tags: R
+---
+
+
+
+### 目的
+
+为了将经常使用的R函数打包成R包，从而方便自己使用，因此有必要学习制作R包
+
+### 结构
+
+```
+pacakgename（包名字）
+|
+|--DESCRIPTION（描述文件，包名、版本号、依赖关系等）
+|--NAMESPACE（命名空间，导入包和函数）
+|--R/（函数源码目录）
+   |--Script1.R （包含函数的脚本）
+   |--Script2.R
+   |--....
+|--man/（函数的帮助文档目录）
+   |--Script1.function1.Rd（函数的说明文件，latex语法）
+   |--Script1.function2.Rd
+   |--Script2.function1.Rd 
+   |--....
+|--data/（存放R类型数据目录）
+|--inst/（存放原始数据目录）
+|--vignettes/（存放包说明文档目录）
+```
+
+### 准备工作
+
+##### 安装必要R包
+
+- devtools
+- roxygen2
+- knitr
+
+##### 使用Rstudio创建R project
+
+### 修改文件
+
+#### DESCRIPTION
+
+```
+• Package:       名字   
+• Type:          类型
+• Title:         作用
+• Version:       版本
+• Author:        作者
+• Maintainer:    邮箱
+• Description:   描述
+• License:       开源协议
+• Encoding:      编码格式
+• LazyData:      true     
+• Date:          日期
+• Depends:       R环境或者依赖R包
+• imports:       导入包
+• Suggests:      建议包
+```
+
+#### Namespace
+
+```
+# import packages
+• import(ggplot2) 
+
+# import function from packags
+• importFrom(tidyr, spread)
+
+# import functions edited by author in a hand manner
+• export(function1)
+```
+
+
+
+#### R代码撰写原则
+
+```
+1. 命名：function.R
+2. 代码风格：
+	§ install.package("formatR")
+	§ formatR::tidy_dir("R")重新编译当前目录所有R代码
+3. 变量和函数名字小写，underscore下划线分割名字；变量名字是名词，函数是动词
+	§ day_one
+4. 避免使用已经存在的变量和函数名字
+5. infix operators（=， <- ）均需要出现空格符号，即使是函数内部参数；每个comma后跟随一个space
+	§ average <- mean(feet / 12 + inches, na.rm = TRUE）
+6. 左括号前空出一个空格，出了plot函数
+	§ if (degug) do(x);  plot(x, y)
+7. 每行80字符
+8. R landscape:尽量不要改变landscape，下列方法会改变运行环境
+	i. 不要使用library()或者require()函数，而是使用DESCRIPTION调用依赖包
+	ii. 不要用source加载代码
+	iii. 保留原始环境退出：
+		1) old <- options(stringsAsFactors = FALSE)
+		2) on.exit(options(old), add = TRUE)
+		3) old <- setwd(tempdir())
+		4) oe.exit(setwd(old), add = TRUE)
+    iv. 函数避免加载时候同时输出图和结果，分开执行.
+```
+
+#### R函数表头信息
+
+```
+• @description:    描述函数作用
+• @import ggplot2：导入函数需要依赖的包
+• @importFrom ggthemes theme_wsj：导入某个包的函数
+• @return:    返回类型
+• @export：   输出格式
+• @param:     参数具体描述
+• @details：  参数的细节
+• @examples： 函数使用范围
+
+Ctrl+Shift+Alt+R（光标放在函数名上)会自动创建注释
+```
+
+### 生成包
+
+先check，如果没有错误信息则直接生成包，包类型有二进制和源码格式
+
+### 引用
+
+1. [R包创建](http://r-pkgs.had.co.nz/intro.html)
+
+   ​
+
+参考文章如引起任何侵权问题，可以与我[联系](https://github.com/HuaZou/)，谢谢。