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kzfm committed Mar 4, 2019
1 parent 1b0a66b commit 1ad2b82
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Showing 2 changed files with 6 additions and 3 deletions.
9 changes: 6 additions & 3 deletions ch04_database.asciidoc
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.化合物関連データベースの歴史
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そもそも公共の化合物関連のデータベースというものは歴史が浅いです。化合物関連データベース自体の歴史が浅いのかと言われれば全然そんなことはなく、実は昔から色々なデータベースが存在しましたがほぼ全てが商用のサービスでした。オープンな化合物データベースが登場したのは実はごく最近のことです。アミノ酸、塩基配列、蛋白質結晶構造などのデータベースはかなり以前から無償で提供されていたのとは全く異なる状況だったと言えます。公開データベースがないという状況はオープンネスを失わせる要員の一つでした。
そもそも公共の化合物関連のデータベースというものは歴史が浅いです。化合物関連データベース自体の歴史が浅いのかと言われれば全然そんなことはなく、実は昔から色々なデータベースが存在しましたがほぼ全てが商用のサービスでした。オープンな化合物データベースが登場したのはごく最近のことです。アミノ酸、塩基配列、蛋白質結晶構造などのデータベースはかなり以前から無償で提供されていたのとは全く異なる状況だったと言えます。公開データベースがないという状況はオープンネスを失わせる要員の一つでした。
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=== ChEMBL
Expand All @@ -24,10 +24,13 @@ link:https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/[PubChem]はNCBIにより維持管理さ

特にPubChemは初期スクリーニングのデータが多いため、そのようなデータに対しなんらかのマイニングや分析を行いたい場合は有用だと考えられます。

=== どちらを使うべき?

どちらを使うべき?::
QSARをやりたい場合にはやはりChEMBLのデータを利用することが多いです。IC50のようなデータが得られていることが多いですし、モデルの解釈に元論文をあたることができるというのが大きな理由です。

=== ChEMBLで欲しい情報を検索する

(beta版のUIでの検索のやり方を入れます。)

=== その他有用なデータベース

のちほど追記していきます。IssueやPRでも受け付けてます。
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